某天，普通高中生永井圭（宫野真守 配音）在放学路上被卡车撞倒，短暂的死亡过后，他悠然回到人间。作为日本第三位亚人，永井被警察、亚人管理委员会乃至赏金猎人等多方势力盯上。与此同时，被亚人管理委员会称为“帽子”的佐藤（大冢芳忠 配音）将受控的亚人田中功次（平川大辅 配音）。他向全国范围内发出信息，最终集结了7名亚人。佐藤试图策划大规模的虐杀恐怖行动，向日本政府发起冲击。在7名亚人中，中野攻心中的疑惑与日俱增。亚人VS亚人、亚人VS普通人，可怕的相互残杀即将发生…… 本片根据樱井画门累计发行量超过390万册的同名漫画改编，并以三部曲的形式顺次上映。

第二波“净化”开始了，石丸、樱井、岸、甲斐、李等日本政商界要人们按照名单顺序逐个被杀。然而，日本政府坚决贯彻不屈服于恐怖分子的态度。警察、对亚特选群、自卫队、美国国防部，还有亚人管理委员会官员户崎和高中生亚人永井圭，都在暗中潜伏着。亚人过激派集团也终于开始行动了。史上最恶最凶的恐怖分子佐藤的真正目的是什么？阻止佐藤的又会是谁？

Kei Nagai dies in a car accident, but realises he is a type of immortal known as Ajin. Hunted by humans, Ajin is eventually found by the government and used as a subject in cruel experiments. He finds fellow demi-humans along the way as he escapes and goes on the run.