剧情紧接外传 Battlefield of Pacifist（和平主义者的战场），地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外，希洛等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃，然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬，战乱再一次燃起。巴顿财团利用前OZ统帅杜鲁斯之女作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希洛等人进入殖民地化解危机并把高达取回作战。

故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

【内容介绍】 宇宙世纪0079年1月3日， 7时20分，吉翁公国向地球联邦政府宣战，以被外届称为“独眼巨人”的MS核心部队，在未遭遇算得上是妨害的妨害下，使用装备热核弹头的火箭炮，无差别地摧毁了各殖民地，此外，为了要屠杀殖民地内的全体居民，大量投入神经毒气“G3”。由宣战开始不到40小时的时间，三个区的居民，约28亿人死亡。同时，“殖民地坠落”计划开始实行…… 故事从史称“一周战争”爆发的第二天，U．C．0079年1月4日拉开了帷幕。在负责新型武器开发的吉翁公国第603技术试验队中，参军三个月身为纯粹技术人员的23岁金发男主角奥利弗·梅（Oliver May）中尉，与总帅府特派到舰队中的25岁红发女主角莫妮可·凯迪拉克（Monique Cadillac）上尉相遇了…… 【背景介绍】 作为《机动战士高达》系列史上首部3D作品，《机动战士高达 MS IGLOO 一年战争秘录》OVA三部曲一直让高达迷们津津乐道，其以吉翁军士兵的视点表现战争而展开的出色剧情和3D化表演让习惯了以联邦军作为主角和二维动画人物的高达迷们第一次发现，原来“一年战争”也是能以这种方式表现的。随着《一年战争秘录》三部曲的结束，官方又推出了此系列的第二部作品《机动战士高达 MS IGLOO 默示录0079》，依然延续了《一年战争秘录》中的吉翁军的视点。

U.C. 0123. After a generation of peace, the Earth Federation has begun to build new space colonies to house humanity's growing population. But a new force, the aristocratic Crossbone Vanguard, plans to seize the colonies of the newly constructed Frontier Side for itself. As their home becomes a battlefield, a handful of young civilians struggle to escape the conflict. To save his friends and family, the reluctant warrior Seabook Arno becomes the pilot of a new Gundam which bears the code name F91.

U.C. 0079年10月。到地球战线赴任的年轻联邦军官西罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为分属敌对两方而不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，西罗和他的第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。

宇宙世纪0079年1月3日， 7时20分，吉翁公国向地球联邦政府宣战，以被外届称为“独眼巨人”的MS核心部队，在未遭遇算得上是妨害的妨害下，使用装备热核弹头的火箭炮，无差别地摧毁了各殖民地，此外，为了要屠杀殖民地内的全体居民，大量投入神经毒气“G3”。由宣战开始不到40小时的时间，三个区的居民，约28亿人死亡。同时，“殖民地坠落”计划开始实行…… “一周战争”爆发的第二天，U. C. 0079年1月4日，在负责新型武器开发的吉翁公国第603技术试验队中，23岁参军三个月的技术人员奥利弗·梅中尉，与总帅府特派到舰队中的25岁莫妮可·凯迪拉克上尉相遇了……

U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”的战斗中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。