平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。 魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

狂爱百合恋的少女──宫前佳奈子，为了寻找「命运之恋」，因此转入私立天妃女学院，就读高二。在学院中遇到一群美少女的她，雀跃不已。却阴错阳差发现学院里的校花──祇堂鞠也竟然是男儿身，大受打击！另一方面，鞠也为了防止这个秘密被泄漏出去，与女佣茉莉花联手监视佳奈子。多灾多难的学院生活就此拉开序幕……