创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。 另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。 而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

After an interplanetary war at the beginning of the 21st century, planet Earth has been left in ruins, with much of its ecosystem completely destroyed. Because it was no longer possible to live a normal life on this planet, the inhabitants are forced to move on to other planets where life will, hopefully, be more comfortable.