平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。 魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

高梨修辅（豊永利行 配音）是一个无可救药的宅男，在他收藏的众多H漫画和美少女手办中，“妹”，是一个无法回避的主题。作为修辅的妹妹，高梨奈绪（喜多村英梨 配音）居然对这样糟糕的哥哥心怀着满满的好感，为此不惜抓住各种时机有意无意的诱惑着修辅。青梅竹马土浦彩叶（井上麻里奈 配音）的突然出现为兄妹两的关系蒙上了一层阴影，热情主动的彩叶更是让满心嫉妒的奈绪时不时的想要暴走。 夹在两个妙龄妹子之间的修辅感到十分头痛，同时，通过种种的蛛丝马迹，他对自己和奈绪的血缘关系产生了怀疑。奈绪的身世里究竟隐藏了怎样的秘密？修辅和奈绪之间的感情能够修成正果吗？这一切都要看修辅的造化了。