阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。 关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……

2039年、人类由暖化伴随的海面急剧上升、在陆上失去了庞大版图。犹如与其呼应、云缠雾绕的谜之军舰群“雾之舰队”出现在世界各地的海洋、以搭载之超兵器开始攻击人类船舰。人类投入持盈履满的战力、面临最终决战"大海战"、反在"雾"的压倒性武力前脆弱地落败。全海域、搬运途径都遭"雾之舰队"封锁、政治经济於是崩坏、人类走回疲弊一路───────自"大海战"後七年。士官候补生・千早群像面前浮现了"雾之舰队"的潜水舰"I-401"。该是敌人的"I-401、会对与其MENTAL MODEL"IONA"相逢之群像、以及人类带来什麼呢？

动画作品「机动战士高达」的塑料模型通称“钢普拉”在1980年代掀起了一阵狂潮。如今，第2次钢普拉热潮，应该称之为新的浪潮席卷整个世界。受它的人气影响，于是有了“ガンプラバトル”。不是虚拟空间里的CG，而是通过操纵制作好的钢普拉来战斗，使用划时代的系统参加世界大赛。 故事的主人公入尾成十分钟爱钢普拉，参加钢普拉战斗世界大赛，是这个年轻的钢普拉builder的梦想。作为模型店唯一的一个儿子拥有者超高的钢普拉制作技术的他，却对战斗的操纵十分生疏，以至于在大赛出场的第一战就败北。他遇到了一个叫做雷吉的有着超凡的钢普拉操纵技术的迷般的少年，他们组队像世界大赛发起挑战，目标是参加世界大赛，然后胜利！