A year has passed since Menma's ghostly return to the Super Peace Busters. Although the time they spent together during that summer was short, the five members reminisce about what happened as they each write a letter to their lost friend.

1000年后的世界，日本的孩子们正不断地消失，只存在想象中的恐怖动物与人类展开殊死战斗。反乌托邦式的未来超级社会“新世界”，是口吐真言凭藉“咒力”就能移动物体的人类，与有着等同于普通人智力的生物“化鼠”共存的世界。乍看之下一切和平，但“新世界”的孩子们的行动被彻底地控制和管束着，不合适的记忆被消去，被认为有问题的孩子，如同不良产品般被分开处理。因为一些违反规则的小事而莫名地失去不少朋友的主人公渡边早季，卷进了人类与化鼠之间的战争。