故事的进展渐渐白热化，神秘的敌对势力开始向阿虚摊牌，并且肆无忌惮地准备执行他们疯狂的计划。同时，正牌的SOS团这边也出现了许多意想不到的变数，事态越发扑朔迷离，身为普通人的阿虚渐渐意识到自己背负了异常重大的责任。他要如何对抗那些强大的敌人？要如何拯救春日团长，以及整个SOS团？

在前一集的故事之中首次登场的神秘外星人、超能力者和未来人，这回又再度出现在阿虚面前。而隐藏在他们身后的众多秘密，也渐渐明朗了起来。长门突然病倒的原因到底为何？神秘人物的最终目的又是什么？许久未见的老同学突如其来出现，他们如今是敌是友？阿虚要如何判断，如何拯救SOS团所面对的巨大危机？

我的获得青春点数计划（具体来说，就是与女孩子共度酸酸甜甜的高中生活大作战），就在这个传说有外星人监视的城市里展开。 据说“地球被盯上了”，与我同住一个屋檐下，卷着棉被的电波女藤和艾莉欧如此说道。她是导致我青春点数低落的主因，也是妨碍本计划的根源。 即使是和天然治愈系爽朗健康女孩流子，以及模特儿看了也会吓一跳的高挑少女（角色扮演）前川同学的邂逅，使我的青春点数急速地上升，但是身上卷着棉被的电波女却不知为何老是待在我身边…… 我的青春到底是怎么回事？