在未来，地球因为太阳的异常活动而使大气层遭受破坏，连带地球上的生态系统也发生了急剧异变并破坏了生物的DNA，也使人口的出生率严重下降。面对这样的情况，政府制造了名为「IC(Ideal Children)」的克隆体，并由这些拥有优秀能力的克隆体IC组建成政府。当时的地球而 不再是给一大片的海洋包围，取而代之的是望际无边的沙漠。而本作的男主角山姆·康恩，是被称为「沙贼」的商人，而他的目的就是在这片沙漠上寻找曾对他哥哥造成了伤害的谜之超巨型移动物「Ozuma」。于某一天，山姆发现有一名名叫玛娅的美丽女性，给IC组成的军队駆逐舰追捕，山姆救了玛娅并把他藏在砂贼船之上。但是，他们却给拥有压倒性军力的駆逐舰包围著……

未来世界，人类首次和外星生命体伽米拉斯实现沟通，但是对方表现出强烈的敌意，向地球发起猛烈攻击。在第二次火星星际大战后，地球人虽然勉强取得胜利，可是伽米拉斯以冥王星为据点，随时向地球发射流星爆弹。经过长达八年的荼毒，如今地球已经变成荒芜且充满和辐射和毒气的红色死亡星球，人类行将灭亡。在此危亡时刻，名为＂大和计划＂的行动秘密展开。2199年，地球人在位于麦哲伦星云的伊斯坎达尔星人的帮助下，掌握了时间翘曲的先进技术，并将之融入地球最后的希望——宇宙战舰大和号上。 在冲田司令的率领下，古代进、岛大介、森雪等一腔热血的地球战士登上大和号，朝着宇宙的深处挺进……