童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。 本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。

遥远的未来，地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空，建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆，并与外星人成立人类银河联盟。与此同时，名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖，与联盟展开旷日持久的战争。在一次针对希迪尔斯母星的战役中，年仅16岁的少尉雷德（石川界人 配音）所在部队遭遇猛烈抵抗。撤退途中，雷德不慎被卷入时空裂缝，与他所驾驶的歼灭兵器钱伯坠落在地球的汪洋中。钱伯被人类打捞到加尔刚蒂亚舰团之上，面对这个与印象中完全不同的人类发源之星，雷德不知所措。在此期间，他和可爱的少女艾米（金元寿子 配音）沟通交流，并成功帮助他们挫败海盗的进攻，赢得地球人的信任。 由于无法联系到友军，雷德只能暂时留在地球。自幼只知道战斗和服从命令的他，面对这群全无纪律和效率可言的人类，心中最深层的情感慢慢苏醒……

对于高中生季堂锐太（逢坂良太 配音）来说，正确的时间里就应该做正确的事情，人人憧憬的恋爱简直是无稽之谈，学习和成绩才是重中之重。就是这样古板的男人，和青梅竹马春咲千和（赤崎千夏 配音）过着平静又充实的每一天。别看锐太如此正派，初中时的他确实个纯正的中二少年，病重的他甚至 会把自己的幻想写在笔记本上。没想到，就是这本笔记本，让他沦为了学院中公认的白富美夏川真凉（田村由加莉 配音）随意使唤的“奴隶”。 应真凉的“要求”，锐太成为了她的男朋友。至此之后，个性内向的“前女友”秋篠姬香（金元寿子 配音）和坦诚耿直的“未婚妻”冬海爱衣（茅野爱衣 配音）也接连出现在了锐太的身边。