东京和纽约，接连发生两起利用病毒Wizard制造的爆炸事件，该病毒的开发者亚历山大·卡罗琳娜·圆（堀北真希 饰）被人称作天才少女，而她正是冒失鬼ATARU（中居正广 饰）当年的旧相识。警视厅迅速成立搜查总部，冷峻干练的女性管理官星秋穗（松雪泰子 饰）亲自坐镇，指挥搜查的进行。谁知FBI带着ATARU突然介入，日美共同搜查总部旋即结成。就在此时，本已离职并经营起自己的侦探所的蛯名舞子（栗山千明 饰）也掺合进来。小圆锁定了罪虐深重的人，对他们展开了缜密的追杀。但其超高的智商，让日美警方全然摸不清头脑。 ATARU、舞子、泽俊一（北村一辉 饰）这组最佳搭档再度碰面，他们能否携手击败这名史上最强的对手？

12年前，中村庆介（龟梨和也 饰）的母亲所经营的幼儿园中，一个幼童遭人杀害，而庆介的母亲也因一档节目而被谣传诬陷成杀人凶手，不堪舆论重负的母亲最终自杀身亡。12年后，庆介决定找出真凶，并向当年逼迫母亲自杀的人进行复仇。庆介将目标锁定在了当时参与节目制作的工作人员、主持人以及掌握案件关键信息的两姐妹。等到他查明真相接近真凶时，便公开足以让其身败名裂的视频以威胁对方完成复仇。就在庆介一步步行动的过程中，新宿中央警署的副署长也对12年前的这起案子产生了兴趣，继而注意到了庆介...