かつて栄華を誇った日本の忍者たちは、戦後GHQによって組織を解体させられ消滅した。しかし、実は今でも忍者は秘密裏に存在しており、その数は20万人とも言われている。そして一部の精鋭忍者は国家レベルの争いごとの裏で暗躍していた。一方で、末端の忍者は仕事にありつけないことも多く、その一人・雲隠九郎もニート同然の暮らしをしていた。しかし、そんな九郎のもとについに重大な「忍務」が‥‥！

練魔のアパートで暮らす末端忍者・雲隠九郎にくだった忍務は「講談高校への潜入」。まずは生徒になるための転入試験を週末に控えていた九郎だったが、緊急で「男性器の切断事件を起こした外国人テロリストの討伐」が命じられる。しかしニート状態が長く、アパートの敷地から出来れば出たくなかった九郎はすぐには動けず‥‥、九郎より先にただのおじさんっぽい佐々魔元一等忍尉が偶然にも接触。テロリストは忍者に出会えたことに感動した後、戦ってみたい欲が沸いてきて、二人の戦闘が始まる。