Shun Nonomura is a young man out of Monopolis, a sprawling miner's colony on the lunar surface. His people mine essentials for Earth. In the late 21st century, Earth's resources are depleted and the planetary government has resorted to authoritarian rule to get what they want. As the put-upon miners start to organize a revolt, they come under attack from Earth's new lunar commander, Alex Rigel. As Shun's idealism and Alex's chilly pragmatism clash, Monopolis is thrown into chaos. The last, best hope for victory lies within a mysterious alien artifact the lunarians worship as a god: Dallos!

人类制造出了机器人作为他们的帮手，但机器人却最终背叛了人类，夺走了地球的统治权。就在人们被逼的走投无路之时，一位名叫露娜（矢岛晶子 配音）的少女成为了他们最后的希望。邪恶的机器人统领布莱金（内海贤二 配音）感受到了露娜所带来的威胁，派出了强大的机器人杀手追杀露娜，卡夏（古谷彻 配音）就是其中之一。最终，露娜死在了卡夏的手上。 露娜死后，整个世界开始迅速的衰败，一晃眼数百年过去，无论是人类或是机器人，都早已经不复存在。就在此时，卡夏再度现身，只是此时的它已经失去了曾经的记忆，在黑暗和混沌之中只剩下迷惘。

故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。

U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”的战斗中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。