本书特点是基本上以大顺军、大西军余部及郑成功等民众抗清斗争为主线；贯串全书的脉络是强调历时二十年的抗清斗争失败的主要原因是抗清势力内部矛盾重重，严重分散，抵销了抗清力量。南明的历史，包括了大顺军攻克北京及消军入关问鼎中原以来，直到康熙一年夔东抗清基地覆灭的各地地反清运动的历史。它是群雄争霸又是明朝的延续，也是清初历史的一个主要组成部分称之为南明,是因为以北京为都城的明朝业已覆亡这段时期的战斗主要在南方展开，又是在复兴明朝的旗帜下进行，而弘光、隆武、鲁监国 、永历朝廷都是在南方建立的。但是，抗击清朝的暴虐统治，并不仅限于南方，陕、甘、晋、冀、鲁、豫等地的抗清运动连绵不断。

本书从准实土卫所和建置沿革入手，探讨明代卫所的行政区划制度。第一章以普遍统计，归纳沿海卫所的政区形态；第二章选三种现象，观察边地卫所的实土程度；第三章选四项疑难记载，考证建置沿革；结语则推论明代卫所乃至全体政区的基本模式。本书结论倾向于对史实的简单化理解：都司卫所为省府 州县的辅助政区系统，建置沿革的复杂记载背后往往是简单史实，明代政区体系可以视为一个遵循直隶/分管模式的圈层结构。此外，本书草创一份明代方志工作目录，以裨读者。