《恶魔吹着笛子来》根据日本著名侦探小说家横沟正史的同名小说改编。 故事从震撼一时的“天银堂事件”开始。银座的天银堂珠宝店来了个叫井口一郎的男人，自称在东京都卫生局工作。他告诉老板这一带有传染病，凡是和客人有接触的店员们，依规定都得喝预防药。谁知喝下此人的药水以后纷纷倒地，男子见状抢夺了一堆珠宝后逃逸。这起事件只有三个幸存者，根据他们提供的嫌疑犯拼图，最大嫌疑人落到了椿英辅子爵（榎木孝明 饰）身上。而子爵的家人却发现他已经失踪好几天。不久子爵的尸体被找到，被判定为自杀。而由他作曲并独奏的遗作——《恶魔吹着笛子来》却像是地狱里的游魂，带着仇怨与诅咒在椿府的夜空飘荡，仿佛要幻化出一个恐怖的恶魔实体。他那忧郁的脸色、儒雅的身影也一次次隐约闪现，令人不寒而栗。恶魔的脚步越来越近，诡异的笛声越来越响，椿家的惨剧一幕接一幕上演，血红的火焰图案成为恶魔的徽章，究竟谁是凶手？

故事发生在公元794年，日本刚刚进入平安时代，连接阴阳两界的壁垒被打破，怨灵和人类共处一世。右近卫府中将源博雅（伊藤英明 饰）因怨灵作祟之事而前往拜访现今最有名的阴阳师安倍晴明（野村万斋 饰），两人被彼此的气度和谈吐吸引，成为了一生的挚友。 阴阳师道尊（真田广之 饰）上奏朝廷，声称京都的守护者即将诞生，而所有的线索，都指向了左大臣的孙子敦平亲王。敦平亲王诞生之后，左大臣凭此在朝中飞黄腾达，权利无人能及，可就在此时，晴明和源博雅却发现，在敦亲王的身上，开始出现种种可怕的异像，这意味着，敦亲王已经身中可怕的诅咒，性命危在旦夕。