In 2071, roughly fifty years after an accident with a hyperspace gateway made the Earth almost uninhabitable, humanity has colonized most of the rocky planets and moons of the Solar System. Amid a rising crime rate, the Inter Solar System Police (ISSP) set up a legalized contract system, in which registered bounty hunters, also referred to as "Cowboys", chase criminals and bring them in alive in return for a reward.

木之本樱，是擅长体育的小学4年级学生。某天，小樱从学校回家，在平常都没有人的地下书房发现似乎有什么人的样子。小樱走下去一看，那里有一本闪耀着金色光芒的书。里面装有牌，然而，在读写在上面的文字的时候，刮来了剧烈的风，牌四处飞散开去。从书的最后，出现了名为可鲁贝洛斯的奇妙生物，书中写着“库洛牌的封印被解开之时，灾难就会降临世间”之类的话。随后，可鲁贝洛斯将封印的钥匙交给了小樱，令她成为收复牌的魔卡捕获者。当晚，小樱用魔法与实体化的魔卡对决……

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