第二季的故事将从上一季最后一集的情节拉开帷幕。 警视厅搜查一科“特别犯罪对策室”被迫解散，室长大泽绘里子（天海佑希 饰）引咎辞职，准备从成田机场出发回去美国，可是就在机场等待时她接到了野立信次郎（竹野内丰 饰）的电话。警界高官黑原健蔵将成为反政府组织“黑月”的下一个狙击目标，而“黑月”重要成员高仓龙平在护送中逃脱。虽然绘里子和对策室各成员纷纷赶往现场，但黑原依然中弹，而犯人逃脱。身负重伤的黑原被迫辞职，为了承担责任，对策室再度解散，绘里子去了美国。两年后，当上参事官的野立以接手某个重要案件为契机，使得对策室再度复活。 木元真实（户田惠梨香 饰），片桐琢磨(玉山铁二 饰) ，花形一平(沟端淳平 饰) ， 山村启辅(温水洋一 饰) 和岩井善治(小林友治 饰) ，这一班乌合之众是否还能再次聚首，为绘里子和对策室效力？而野立这一次是否依然可以说服绘里子担任室长一职？

新学期开始，升入六年级的小朋友们迎来了一位新老师阿久津真矢（天海祐希饰），第一节课，不苟言笑的真矢老师便发了一通关于社会不公和残酷性的评论，表示今后要在班里实行差别待遇，唯一的衡量标准是每周的考试成绩。 神田和美（志田未来饰）对老师的高压政策十分不以为然，她和捣蛋鬼真锅由介（松川尚王留辉饰）总是和老师唱对台戏，而后果就是被整得死惨。在一次惩罚中，优等生进藤光（福田麻由子饰）为和美求情，却被真矢一起惩罚。不久，光也加入到和美的队伍中，三人一起反抗老师。 真矢冷酷无比的教育方针渐渐引起所有同学的恐慌，他们计划着共同推翻真矢的管制，让她下台……