峰静香和佐也香母女拜托毛利小五郎保护家中的宝刀，原因是怪盗基德发出预告，将要盗取宝刀据为己有。听到谈话的少年侦探团自然不会错过这个大好机会，他们跟随小五郎和小兰来到峰家。在这里，他们遇见了蛮横的老婆婆、天真的剑客铁刃以及自信满满的风雷藏，当然还有峰家的奇怪宠物们。小五郎听信了雷藏的话，放心大胆地和剑十郎开怀畅饮起来。 到了指定时间，基德潜入峰家，不过他这一次的行动可不轻松。先是遭到宠物秃鹫的撞击，接着又要连续使用美人计搞定峰家的女人们，而小小的铁刃也同样是个难缠的对手。另一方面，柯南偶然尝到峰家一种奇怪的药物，竟然发现它可以使自己变身，然而让他意想不到的事情发生了……

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。 在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。 来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……