1998年10月，卧底假扮业务员一个月的刑警青岛俊作（织田裕二饰）回到的原来的岗位——警视厅湾岸警察署刑事课。本以为可以休息片刻，但新案件接踵而至。放火杀人未遂事件引起警方注意，押解嫌疑人的途中，小堇（深津绘里饰）等人在处理另一个事件的途中，让嫌疑人逃脱了，小堇因此被总部调查。青岛为了小堇，誓要逮捕犯人，还小堇青白。但此时，青岛与警视庁刑事部捜査一课管理官室井慎次（柳叶敏郎）的信赖关系却出现了裂痕。高层的跟踪调查，嫌疑犯的不知所踪，青岛陷入了前所未有的危机之中。
《跳跃的大搜查线》系列电视剧特别篇第3部。