为了打击“后人类”——一种突然出现在网络社会的新型人类——所犯下的网络犯罪，首相秘密下令重组公安九课。户草在搜寻可能已觉醒的岛村隆时失踪，为查明户草下落，草薙素子率公安九课前往已成为废墟的东京。在那里，草薙素子一行人遇到了自称“N”的难民组织以及一支美国特种部队。由于一艘被扣押的核潜艇引发了核战争的威胁，公安九课、美国和后人类之间的三方混战愈演愈烈。