憨山大师注《庄子内篇》，创意于约万历十六年（1588年），最终克成于万历四十八年（1620年），前后长达三十二年之久，堪称憨山后半生倾注心血的精心之作。大师自言：“庄子一书，乃老子之注疏。予尝谓老子之有庄，如孔之有孟。若悟彻老子之道，后观此书，全从彼中变化出来。”