撒旦假扮外国教授沃兰德走访二十世纪三十年代的苏联首都莫斯科，遇见莫斯科文联主席柏辽兹和青年诗人伊凡，他们不信上帝，也不信魔鬼，沃兰德逐一反驳，并预言柏辽兹当天的死亡。伊凡目睹柏辽兹被电车辗毙的惨剧，怀疑沃兰德是外国特务，紧追不舍，却被关入精神病院，并认识了大师。大师是个不知名的作家，情人玛格丽特崇拜他的才华，称他为大师，他也就以此自居。
大师写过一本关于彼拉多审判耶稣的小说，受到批判后，惊恐之下烧毁了手稿，进了精神病院。大师失踪后，玛格丽特到处寻找，遇见撒旦的随从，得到回春脂，恢复青春，经历许多奇事后，终于救出大师。在撒旦的指引下，大师和玛格丽特的灵魂越过莫斯科的麻雀山，飞向永恒的家园。
《大师和玛格丽特》把历史传奇、神秘幻想和现实生活糅合起来，被认为是二十世纪魔幻现实主义的代表作之一。