由不同歷史的平行世界經過大時空震動的融合，新的「多元世界」誕生後20年。擁有2個月球及2個日本列島的地球，正在神聖不列顛聯合、AEU、人革連三大国家的支配下。但是世界各地的紛爭及恐怖活動從未停過，各個地方更出現謎之怪物「次元獸」，威脅人類的安寧。 某日，欠下巨額借款的男人克羅烏‧布魯斯托，為了高額的報酬而成為對次元獸用機動兵器普拉斯達（ブラスタ）的測試駕駛員。為了替普拉斯達收集戰鬥數據，克羅烏與各方勢力接觸。像是「使用武力根絕戰爭」為目的的Celestial Being、新能源「光子力」為動力的超級機器人－魔神Z、新的異世界轉移過來的宇宙移民船團的民間軍事組織S.M.S、以解放被不列顛尼亞支配（部份）的日本為目的的黑色騎士團……。他們各有不同的理念，最後在聯合國和平維持理事会代表艾魯坎‧羅迪克的號召下組成特別国際救助隊ZEXIS。克羅烏亦是其中一員。 與世界各地恐怖份子及人類共通的脅威次元獸對抗的ZEXIS，除了要應付三大国家潛伏的陰謀外，還要面臨怪人艾姆‧萊伊哈特在暗處阻撓克羅烏。此時，小国利摩涅西亞所引起的時空災害「災難‧誕生（カラミティ・バース）」，導致統領次元獸的破界之王‧凱歐烏來到這個世界。在其壓倒性的力量面前ZEXIS亳無反擊之力而被迫撤退。凱歐烏和他的跟隨者發表「新帝國英佩利姆」的建國宣言，並隨意的反覆進行破壞活動。 在災難‧誕生的影響下除了凱歐烏外，從惡魔之手中守護了別的多元世界的戰士們ZEUTH也被召喚到這個世界上。與ZEUTH的成員成為同伴後的ZEXIS戰力因此增強並且準備升起對英佩利姆反擊的狼煙了。