上次大战后，西克玛(Sigma)仍然未被完全消灭，和平的日子过了不久，新的危机很快出现。这次，西克码联同雇佣兵戴纳摩(Dynamo)把太空殖民地欧拉西亚(Eurasia)脱离轨道，落下到地球，以毁灭地球上的生物。 在殖民地即将降下的同时，西克码病毒不断降落到地球，感染地面的改造机器人，使人类和机器人都陷入一片混乱之中。这时，艾克斯和杰洛必需在16小时之内收集零件，以完成武器艾尼格码(Enigma)，以消灭殖民卫星。 由于此作原本是设为洛克人X系列的最后作品，因此在此作中加入了不少元祖洛克人以及以往洛克人X作品的元素。