承接着上作，艾克斯及杰洛作为"非正规机器人猎人"的一员(Maverick Hunters)，继续负责处理非正规机器人的工作。 与此同时，"改造军团"(Repliforce)成立，负责处理大规模灾害管理。 一天，空中城市Sky Lagoon受到了攻击并且毁灭，最后向地面落下，做成了大量伤亡。当时改造军团的人员在场，被怀疑与事件有关。 这次事件后，改造军团因为拒绝接受调查，被标签为非正规机器人，改造军团随即宣布独立，宣称要建立一个只属于雷普利机器人的世界，但军团里面不少是具有威胁的非正规机器人，而且已经开始占领城市。因此艾克斯和杰洛决定处理这次危机，并查明真相。