主修古代史的女大学生春菜探访长野县井户尻遗址时，在文物馆中欣赏了一件缠绕着蛇发的女性土偶。一阵意外的电闪雷鸣之后，土偶头部的蛇却消失不见。
之后，目睹这一现象的春菜全身变硬，住进医院，成为一座活的石像。她借一只鸟嘴凿击窗户，以二进制信息向数学老师柏田诚二告知了一个坐标。
那个坐标是太平洋上的一个小点，贞子病毒正以水为媒介扩张……