自有人类以来，“污秽”就不断的现身骚扰着人世间的安稳和宁静，为了对抗污秽，一群名为“阴阳师”的人们勇敢的站了出来，加入到了战斗之中，用他们的智慧和勇气守护着人类。少年焰魔堂辘轳（花江夏树 配音）立志要成为史上最强阴阳师，却因为一场悲剧的发生而意识到灾难的不可逆转，遂放弃了理想，沦为路人。
某日，一位名叫化野红绪（潘惠美 配音）的京都少女出现在了辘轳的身边，两人在误打误撞之中开始了同居生活。红绪铲除污秽的决心渐渐感化了辘轳，让他再度看到了希望，燃起了热血。与此同时，辘轳发现，红绪的哥哥石镜悠斗（村濑步 配音）和当年令自己失去一切的灾难有着千丝万缕的关联。