故事延续著[Bram Stoker]的《吸血鬼德古拉》，HELLSING教授打倒了不死的德古拉之后，时间过了约100年，英国王立国教骑士团是专门歼灭对抗大英帝国和英国国教的反基督怪物的特殊机关，而其中的王牌是拿着常人无法使用的大口径手枪的吸血鬼阿尔卡特，在一次任务中转化了被狭持的女警西洛斯，之后两人就以主仆的关系进行任务。
　　但是潜伏在历史阴影中的敌人也正在重整旗鼓，一连串不寻常的人造吸血鬼肆虐事件指向了一个秘密的组织“千禧年”，这个组织由躲藏在南美的纳粹残党所建立，在领导人少校的指挥之下，许多加入组织的党卫军老兵接受了改造成了不死的吸血鬼军团“最后的大队”，另外，少校手下的“狼人部队”拥有超乎知识的超自然能力以及杀戮的意志，也成了相当恐 怖的敌人。
　　他们的目标是：消灭阿尔卡特以及Hellsing，毁灭英国，将无尽的战火再度带到这世界上。
　　Hellsing不得已与平时在政教上为敌对关系，却又同为消灭异端怪物的机关，法王厅十三课合作。但是拥有强大军团的 法王厅却有着自己的打算，使得情形更加复杂。
　　此时，最后的大队以及狼人部队终于对伦敦发动歼灭战，潜伏的吸血鬼支持者也倾巢而出。英国各处死伤惨重，Hellsing也元气大伤，法王厅十三课课长马克斯威尔趁机发动第九次十字军登陆战，企图作收渔翁之利，让国教徒永远从英国消失。英国女王也宣布在最后手段下，将动用核武攻击已为死城的伦敦。
　　在阿尔卡特发动死河之后，最后的大队以及十字军迅速溃败，法王厅十三课也近乎毁灭。血腥的黎明来到之前，三方的战力已剩下最后的底牌，然而少校似乎有着更大的阴谋……
　　这场地狱之战中，谁会是最后一个活下来的人？