親手殺死了第五適任者，亦即最後的使徒「渚薰」的真嗣，
精神上受到了相當嚴重的打擊。而原以為成功剿滅了所有使徒，
人類的和平即將來臨時，沒想到SEELE竟入侵了NERV的超級電腦MAGI，
同時派遣戰略自衛隊及量產型EVA系列，企圖攻占NERV總部。
在真嗣退縮不已，EVA初號機行動又受限的狀況下，
明日香只好獨自駕駛著EVA貳號機，與九架強悍的EVA系列對峙……!!
面對這令人無法喘息的危機，明日香與真嗣等人的命運將會如何？