《名侦探柯南6》的主要内容是：高中生名侦探•工藤新一被一黑谜样组织强灌毒药，导致身体变回儿时的模样！为了隐藏真实的身分，化名[江户川柯南]寄住在女朋友小兰家中——毛利侦探事务所。而且为了不引人怀疑，还特别进入小学就读。柯南一方面暗中帮助迷糊侦探毛利小五郎解决离奇案件，另一方面也调查谜样组织黑衣男子的行踪，某天突出现一位自称是[柯南的母亲]的女子和带着阴险笑容面具的黑衣男子。他们似乎是谜样组织里的人，而且还企图使新一身体变小的毒药谋害另一名高大男子。