经历了多次战争的人类，将大量科技封印。主人与超能力少女——乙HiME的契约模式，成为了各国保护自己的唯一选择。
梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜男子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐怖分子手中救下。解救任务的成功，全拜乙HiME的参与所赐。但是，这片刻的和平没有维持多久。恐怖分子组织着下一次绑架行动，乙HiME的学校——加尔德罗贝学院亦在窥探西弗露的一举一动。一切都是因为西弗露神秘的身世，与其拥有的未知的力量。一直拒绝成为乙HiME的莱娜，不得不面对现实，用乙HiME的力量，结束这一切。
人气动画《舞—乙HiME》前传OVA，最强的苍天之青玉的起源在这里揭示。