時に文化文政。巨大都市江戸。一見平和に見えるその裏で、人と鬼との激しい戦いが繰り広げられていた。 江戸の闇から魔を祓うために組織された特務機関“鬼御門”。 病葉出門は、そこで“鬼殺し”と怖れられる腕利きの魔事師だったが、 五年前のある事件を境にそれまでの一切を捨て、今では鶴屋南北一座に弟子入りしていた。 が、謎の女つばきとの出会いが、彼の運命を狂わせた。 なぜか鬼御門に追われるつばきは彼に「自分の過去を探してくれ」と頼む。 彼女の瞳の奥に宿る何物かに惹かれていく出門。 執拗につばきを追う鬼御門の先頭に、出門と兄弟同様に育った安倍邪空がいた。 鬼御門の頭領十三代目安倍晴明を奸計にはめて葬った邪空。 が、彼は更なる力を求めて、鬼を率いる美形の妖かし美惨と手を組み、彼らの前に立ちはだかる。 鬼の王“阿修羅”の悲しき因果に操られ、千年悲劇の幕が開く。 その先にあるのは、滅びか、救いかー。