第9小学校に通う主人公・大谷ゆりは6年生に進級して早々、危険で気持ち悪くて誰もやりたがらない係「エイリアン対策係」に選ばれてしまった。その活動内容は、ボウグと呼ばれる共生型エイリアンを頭にかぶり、学校に出没するエイリアンを撃退・捕獲すること。対策係となった3人の少女たちは、「エイリアン対策」の日々の中でそれぞれが抱える心の問題に向き合い、絆を深め合っていく。そんな彼女たちをよそに、次々に襲い来るエイリアン達や、学校の大人達は、様々な陰謀を張り巡らせ彼女らを巻き込もうとしていた。