対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。
シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）は、衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろ　しずか）と急速に親密さを増してゆく。
艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛（ツグモリ）に搭乗し、ガウナと戦う！
ガウナの脅威に対し防戦一方だったシドニア。だが、ついに艦長は積極攻勢によ
るガウナ殲滅を決意する。その決断を後押ししたのは、衛人操縦士として英雄視
されるまでになった長道の成長ぶりだった。一方で、次々と明らかになる科学者
落合の異常な研究の数々。戦いは今、新たなる局面へ突入する！！