2200年1月。 ループ世界が終焉（しゅうえん）を迎えてから一週間後。 「窯」を破壊し、一定の目的を遂げた「ラグナ」。 しかし、 彼の本当の目的は未だ遂げられてはいなかった。 それは復活を果たした真の敵「テルミ」を討つこと。 「テルミ」は、真の蒼の継承者でマスターユニット「アマテラス」を認識できる「ノエル」を誘拐。 憎しみを増幅させることで「神殺しの剣クサナギ（μ -No.12-）」を覚醒させる。 「ラグナ」は己の身体の一部を犠牲にして「ノエル」を救い出すが、それもすべては「テルミ」の企み通り。 この隙を突いて、「テルミ」は「タカマガハラ」を無力化してしまう。 すべては彼らの── 統制機構の主である帝の思惑通りだった。 後日、失われた身体の一部を「ココノエ」により取り戻すと、 「ラグナ」は「連合階層都市イカルガ」へ向かう為、再び旅に出た。 そこで待ち受ける「刻の幻影」（クロノファンタズマ）の存在を知ることなく・・・。