かつて栄華を誇った日本の忍者たちは、戦後GHQによって組織を解体させられ消滅した。しかし、実は今でも忍者は秘密裏に存在しており、その数は20万人とも言われている。そして一部の精鋭忍者は国家レベルの争いごとの裏で暗躍していた。一方で、末端の忍者は仕事にありつけないことも多く、その一人・雲隠九郎もニート同然の暮らしをしていた。しかし、そんな九郎のもとについに重大な「忍務」が‥‥！