故事要从十六年前说起。在茂密的森林和长满柔软青草的小山问，有一座小镇。一个名叫琪琪的小女孩就出生在这里。女孩有一个小小的秘密，她的爸爸奥其诺是普通人，妈妈柯琪莉却是个魔女。也就是说，琪琪有一半魔女的血统。
十岁那年，琪琪暗暗下了决心，将来要像妈妈那样当一个魔女。可她并不会使什么高超的魔法。妈妈柯琪莉不仅会骑着扫帚在天上飞，还会配制止喷嚏药。可是琪琪觉得制药太麻烦了，没有坚持学下去。所以她只会骑着扫帚在天上飞这一种魔法。说到这种魔法，琪琪使得可不差。扫帚上载着黑猫吉吉翻个筋斗，直上云霄，对她来说只是小菜一碟。黑猫吉吉从出生起就和琪琪在一起，她俩一直互相帮助，一起成长。不过，虽然吉吉常被叫做什么魔女猫，可是它会的魔法只有一种，就是能和琪琪交谈。
每个魔女都必须在十三岁这一年开始独立生活，找一个没有魔女的城镇或村庄住下来，凭借自己的魔法过上一年。这是成为一个真正魔女之前的见习期。这项重要的规定也是为了让更多人知道，世界上仍然有魔女。我们故事的主人公琪琪，在三年前来到了一个叫做柯里柯的海滨小城。她借住在舒诺夫妇开的“石头、剪子、布”面包店那问堆放面粉的屋子里，凭借她会的唯一一种魔法——飞行，干起了快递的工作。顺利度过一年的见习期后，琪琪回到了家乡。（《魔女宅急便》）
可是，让柯里柯镇仅仅成为一个回忆，琪琪办不到。再说，蜻蜓这个重要的朋友也住在柯里柯镇。渐渐地，琪琪萌生了在那里一直住下去的念头，于是返回了柯里柯镇。这一年她又遇到了各种各样的人，递送了各种各样的东西，也经历了酸甜苦辣。
可就在秋天快要结束的时候，琪琪的心情变得不再平静。作为一个魔女，她想为自己开创一个更广阔的天地，这个念头越来越强烈。在这个念头的驱使下，琪琪回到家乡，让妈妈柯琪莉教自己配制止喷嚏药。第二年夏天，琪琪用自己亲手培育的第一批草药，配成了止喷嚏药。“魔女宅急便”的招牌旁边，又挂上了一块写着“为您提供止喷嚏药”的招牌。琪琪在小城居民的生活中扮演了十分重要的角色，变得越来越忙碌了。（《魔女宅急便2》）