琪琪在学习新魔法的过程中
终于明白妈妈制作喷嚏药的苦心
完成更有趣的任务、认识不一样的朋友、学会新的魔法！
下定决心成为魔女的琪琪，必须在她十三岁那一年，选择一个满月之夜，带着心爱的黑猫吉吉告别家乡与父母，到另一个没有魔女的城市展开修业之旅。只会骑乘扫帚飞翔的琪琪灵机一动，开了一家「魔女宅急便」，帮克里克城里的居民快递对象，并在那里认识了好心的面包店女主人索纳太太、热爱研究飞行的男孩蜻蜓等人。一年过去，返乡探望过父母的琪琪再次回到克里克城──
魔女二年级生的修炼更加艰巨了，琪琪不但要应付雇主们的无理要求，还遇到调皮的捣蛋鬼搅局，甚至被认为是带来邪恶诅咒的可怕魔女……不过琪琪也慢慢发现，宅急便工作其实大有学问，她得更细腻的体会每个委托人的心情，才能做一个带给众人幸福的称职魔女。为了弥补能力上的不足，琪琪这回准备要来学习新的魔法啰，更具挑战性的魔女生涯即将展开！