时间进入2020年，地球人与天顶星人战斗已经结束经年。以瑞克·卡特（Rick Hunter 配音）为首的远征军正在集结，太空堡垒3号（SDF-3）业已完工，新的时代即将来临。但是远征军的计划进行的颇为艰难，由于要带走地球上几乎全部的武装，军队内部争议重重。除此之外，瑞克还将面对个人问题。他即将和战争伴侣丽莎（Melanie MacQueen 配音）步入婚姻殿堂，与明美的爱恋也要随之落下帷幕。另一方面，由于天顶星人叛变与落败，机器人统治者离开泰洛星前往地球。在这一时刻，瑞金特率领的因维舰队入侵泰洛星，旨在寻找生命之花。瑞吉斯不满瑞金特的鲁莽举动，决定撇开他独自行动，新时代的战争由此拉开序幕……
本片为《太空堡垒》剧场版第二部。