1万年前に引き起こされた最終戦争で南半球が消失した地球。かつて栄えた高度な文明は滅び、地球は再び大自然に覆われた野生の大地へと変わっていた。そこに生きるのは「ビースト」と呼ばれる獣人たち。ヒトと獣、2つの姿を合わせ持つビーストは自然と共生しながら長く平和な時を過ごしていた。
しかしあるとき空の彼方より「ヒューマン」を名乗る種族が降り立ち、地上への侵攻を開始する。彼らはこの大地のどこかに眠る「ガイア」と呼ばれる大いなる存在を探しているのだという。
ビーストの少年ワンと仲間たちはヒューマンの追っ手をかいくぐり、ガイアの秘密を握るという獣の姿をした3体のロボット「神霊機（ジン）」と共にガイアを探す旅へと出発する。