商朝末年，人间一片惨状。本来贤明的君主纣王（三浦绪子 配音）被妖女妲己（加素由美 配音）魅惑，终日沉迷在酒池肉林之中。妲己代领其一帮妖怪仙人全权掌管着朝政，一时间生灵涂炭，民不聊生。同一时刻，在天界修行的道士太公望（结城比吕 配音）接受了一个叫做“封神”的任务，他要一一打败卷轴中的邪恶仙人，将它们的魂魄封印在“新界”之中。太公望和坐骑四不像（增川洋一 配音）来到人间，被眼前的惨状所震撼，在执行封神任务的过程中，他渐渐发现所谓的“封神”并不如表面上所示的那么简单。
妲己的名字也在卷轴之中，可是太公望凭借一己之力无法打败如此强大的敌人。太公望来到西岐，说服诸侯姬昌（麦人 配音）集结兵力推翻殷的统治，从而达到打倒妲己的目的。此时，仙界一直对抗的两方势力也借此骚乱开始蠢蠢欲动。一场跨越人间和仙界的惨烈战争即将爆发。