《红色警戒3》的操作颠覆了《红色警戒2》的传统观念，使游戏更偏向于时代化，而相应的竞技性有所下降。不过总体来说，EA开发的C&C《RA3》在效果上有了明显的提高，且增强了玩家的综合判断能力的要求。
游戏故事描述经过多年征战之后，盟军终于获得了胜利，瑟缩在克里姆林宫城内的俄军，决定孤注一掷：运用实验性的时间旅行装置。任务目标：回到过去，在爱因斯坦创造出带领盟军迈向胜利的科技之前将他干掉。顺利完成任务后，俄军回到现代，发现盟军实力确实削弱不少。然而，在他们来得及庆祝之前，却发现他们的行动造就了新的威胁以及世界强权 - 神秘、科技先进的旭日帝国；旭日帝国崇尚科技，设计出来的部队融合科幻、武术和机械人文化的产物。