認為是自己親手殺死同班同學冬二的真嗣，已經喪失回學校上課的勇氣，在漫無目的閒晃時，他遇到了神秘的美少年─渚薰，僅知他是由委員會直接送來的第5適任者，其他一切成謎。另外，缺乏獨當一面機會的明日香，因為心理壓力，表現開始失常，就在此時，使徒來襲了！這次的使徒具有能夠挖出對手心中最不堪的回憶，使其陷入「精神污染」狀態的能力。身心俱疲的明日香，被喚起童年時，母親因為父親外遇而精神錯亂最後自殺的過往，因而開始陷入瘋狂狀態