雖然在替代系統的幫助下順利地打倒了使徒，但由於對父親枉顧人命的做法相當不滿，因此真嗣斷然決定不再搭乘初號機，正當他要離開第三新東京市時，新的使徒出現了。在它強大的威力之下，二號機及零號機都失去了戰鬥能力，而聽到加持告白後的真嗣為了不讓自己懊悔，於是決定再次坐上初號機與使徒戰鬥。