テレビアニメシリーズ第拾七話から第弐拾四話までと1997年に公開された劇場版の物語をベースに進められていくアドベンチャーゲーム。主人公には本タイトルオリジナルキャラクターの剣崎キョウヤを迎え、人類補完計画などの謎に迫る。テレビアニメシリーズでは登場しなかった銀色のEVA四号機が登場。行動次第によって10種類のエンディングを迎えることになる。オリジナルシナリオは碇司令の人類補完計画とゼーレの人類補完計画を阻止するというのが大筋だが、いずれのルートでも結果がどうなったのかは描かれておらず、『新世紀エヴァンゲリオン劇場版 Air/まごころを、君に』のエンディングへ続くようにも、『エヴァンゲリオン ANIMA』へ続くようにも見える、含みを持たせた終わり方になっている。