所有的故事，都开始于300万年前
一块神秘的黑色石板，出现在非洲丰饶广袤的草原上。没有人知道是谁放在那里的，因为那里根本没有“人”。但地球未来的主宰者，却从此踏上了他们漫长的征途。300万年后的一个寻常日子，一块黑色石板在月球上被人类挖出。
“发现号”宇宙飞船沉稳老练的鲍曼船长，带着他的精英船员和顶尖科学家团队，在超级电脑“哈儿”的辅佐下，开启了对这石板主人的秘密追寻。此时他一点儿也不知道，他的全部船员都将遇害，不知道他的忠诚伙伴“哈儿”会倒戈一击，更加不知道，他自己即将变成一位真正的神。
一场持续百万年的实验，结果就要揭晓。地球的命运，是否还在人类手中？