在前作的冒險中收集了全部6冊伊蘇之書的亞特魯·克里斯汀，遭到書的力量傳送至浮在天空中的古代王國伊蘇。在廢墟中昏迷的亞特魯被蘭斯村的少女莉莉亞所救，從莉莉亞的母親處得知其實莉莉亞有著十分嚴重的病。為了尋找替莉莉亞治病的方法與解開6冊伊蘇之書之謎，亞特魯開始了於伊蘇王國中的冒險。
前作所尚未解開的各種各樣的謎團將於古代王國伊蘇中全部解開。