冰室悠子将酷爱旅游、这次要去出云大神社的男友藤代友彦送上了“出云1号”列车，并目送着它缓缓驶出了东京站。此刻她的心情激动而幸福，因为几分钟前，藤代羞涩地向她求了婚。不想，憧憬着日后美好生活的悠子，两天后却接到了青森警署打来的电话，请她到青森去认尸，因为在青森车站的洗漱间里发现了藤代的尸体。悠子顿时蒙了，这怎么可能？！青森与出云是方向相反的两地，自己亲自送上“出云1号”列车的藤代，怎么竟然死在了青森！！她痛苦万分地领回了藤代的遗物，不想又一件奇怪的事情令她震惊不已：藤代的手表每到凌晨3点就响铃报时，而分手前藤代一直是将报时定在早晨7点响铃的。这意味着什么呢？悠子心中充满疑惑。然而，她尚不知道，国铁总部与警方也正在为“凌晨3点”这个时间紧张万分，因为已有人分四次给国铁发来了四封信，内容依次是：夜行列车、凌晨3点、实施爆炸、4月吉日。那么，藤代的手表凌晨3点报时与爆炸预告信的凌晨3点是否有关？要炸的是几百列夜行列车中的哪一列？是4月的哪一天的凌晨3点？谜一样的预告与藤代谜一样的死亡把警方引进了艰苦的解谜破案之中……