在一个名为塞菲拉的地区，宝可梦联盟因一案件而导致全地区宝可梦对战的低迷，你身为主角因发小的推荐走上了振兴训练家之路，途中不仅要赢得徽章，还要阻止加特林队。 在你深入了解后，才发现事情远远不止这般简单: 亲人的失常，土著的圣神传说，所谓的天选之子，最终之日的降临等等……