《三一教研究》是“浙大人文青年学者文丛”之一，全书分为林兆恩与三一教的创立；三一教的分化和嬗变；莆田地区三一教的现状；三一教的信仰；三一教的制度；林兆恩思想与三教；林兆恩及其思想的性质定位及评价等数章内容。